Facturation électronique obligatoire : ce que doit savoir chaque psychiatre libéral

Article AFPEP-SNPP – Juin 2026

Une réforme fiscale majeure entre en vigueur dès le 1er septembre 2026 : la facturation électronique devient progressivement obligatoire pour l’ensemble des professionnels en exercice libéral, y compris les psychiatres. Si nos actes de soins sont pour la grande majorité exonérés de TVA, nous ne sommes pas exemptés de cette réforme. Voici ce que vous devez concrètement savoir et faire.

Qu’est-ce que la facturation électronique ?

Il ne s’agit pas d’envoyer un PDF par e-mail. La facturation électronique (ou e-invoicing) désigne l’émission, la transmission et la réception de factures dans un format normé et structuré (UBL, Factur-X ou CII), obligatoirement acheminées via une Plateforme Agréée (PA) immatriculée par la Direction générale des Finances publiques (DGFiP). Ces plateformes transmettent automatiquement les données de transaction à l’administration fiscale.

Un simple PDF, même signé, ne sera plus conforme après septembre 2026.

Le calendrier à retenir

Date	Obligation
1er septembre 2026	Tous les professionnels libéraux doivent être capables de recevoir des factures électroniques via une PA
1er septembre 2027	Obligation d’émettre des factures électroniques pour les TPE, indépendants et micro-entreprises

À noter : Le Portail Public de Facturation (PPF), initialement prévu comme solution gratuite gérée par l’État, a été abandonné en 2024. Seules les plateformes agréées privées sont aujourd’hui habilitées.

Sommes-nous vraiment concernés ?

Oui, mais selon des modalités allégées. La clé est l’assujettissement à la TVA :

Les actes de soins psychiatriques (consultations, psychothérapies (avec ou sans feuille de soin), expertises facturées à des patients) sont exonérés de TVA au titre de l’article 261-4-1° du CGI. Vous n’avez donc pas à émettre de factures électroniques normées pour ces actes.
En revanche, tout psychiatre libéral doit être en mesure de recevoir des factures électroniques de ses fournisseurs (loyer du cabinet, matériel informatique, logiciels, fournitures, abonnements…) à partir du 1er septembre 2026.
Si vous exercez une activité accessoire assujettie à la TVA (expertises judiciaires facturées à des entreprises, formations professionnelles à d’autres assujettis, médecine du travail, contrats avec des mutuelles ou des employeurs), ces factures B2B sont soumises à la réforme dès 2027.
Remplacements et collaborations libérales : pas de facturation électronique (sauf activités soumises à TVA).

Quelles factures reçues sont concernées ?

Bien sûr, certaines dépenses professionnelles peuvent rester déductibles de vos « frais professionnels » dans votre déclaration 2035 sans facture électronique : Vos factures de restaurant, achats de matériels, papeterie, livres… peuvent se passer de facture électronique. De même pour vos abonnements EDF, téléphone ou autre s’il s’agit de contrat « pour particulier » utilisés pour le compte de votre cabinet.

Mais toute facture établie à votre entreprise avec numéro de SIRET sera désormais au format électronique : achats de matériel via un site web destiné aux professionnels (amazon pro, Bruneau, Robé médical…) et si vous avez un abonnement « pro » pour l’électricité, le téléphone, internet, leasing automobile… il faudra pouvoir recevoir une facture électronique.

Bref, une zone de flou persistera encore un moment, mais vous avez l’obligation de « pouvoir » recevoir une facture électronique.

Selon votre statut juridique

Exercice en BNC (entreprise individuelle)

C’est le cas le plus courant. Vous déclarez vos revenus en BNC au réel (déclaration 2035) ou en micro-BNC (déclaration 2042-C-PRO). Dans les deux cas :

Obligation de réception des factures fournisseurs via une PA dès septembre 2026.
Pas d’obligation d’émission pour les actes de soins exonérés de TVA.
Si vous avez des actes accessoires assujettis : obligation d’émission à partir de septembre 2027.

Exercice en SEL (SELARL, SELAS…)

Si vous exercez via une Société d’Exercice Libéral :

La SEL est une personne morale assujettie à la TVA pour certaines de ses opérations. Elle est donc pleinement concernée par la réforme.
Vos Rémunérations de Fonctions Techniques (RFT), déclarées en BNC depuis la réforme de 2024, peuvent selon leur nature relever d’une obligation d’émission électronique entre la SEL et vous.
Une SEL de grande taille (plus de 250 salariés ou CA supérieur à 50 M€) était soumise à l’obligation d’émission dès septembre 2026 — ce qui ne concerne pas les cabinets de psychiatrie individuelle.
Consultez impérativement votre expert-comptable pour cartographier précisément les flux de votre SEL.

Exercice en micro-entreprise

Certains psychiatres exercent une activité annexe (formations, supervisions, publications) sous statut de micro-entrepreneur.

Si votre chiffre d’affaires dépasse le seuil de franchise en base de TVA (36 800 € en 2026), ou si vous avez opté volontairement pour l’assujettissement à la TVA, la réforme s’applique pleinement.
En dessous du seuil et sans activité B2B assujettie, l’obligation se limite à la réception des factures fournisseurs.

Retraité actif

Votre statut de retraité actif (cumul emploi-retraite) ne change rien aux obligations de la réforme. Ce qui compte, c’est votre mode d’exercice et votre assujettissement à la TVA, non votre situation vis-à-vis de la CARMF. Un psychiatre retraité actif en BNC a exactement les mêmes obligations qu’un confrère en activité pleine : obligation de réception dès septembre 2026, absence d’obligation d’émission pour les actes de soins.

Émettre ou recevoir : quelle différence concrète ?

	Recevoir (dès sept. 2026)	Émettre (dès sept. 2027 si assujetti)
Ce que ça signifie	Vos fournisseurs vous enverront des factures au format normé via une PA	Vous devrez envoyer vos propres factures (B2B assujetti) via une PA
Qui est concerné	Tous les psychiatres libéraux	Seulement ceux avec des actes assujettis à la TVA (expertises B2B, formations…)
Ce que vous devez faire	Ouvrir un compte sur une PA et y « brancher » votre adresse de réception	Choisir une PA qui permet l’émission et paramétrer votre facturation

Vos logiciels métiers suffisent-ils ?

La réponse courte : non, pas seuls.

Vos logiciels de gestion de cabinet (Doctolib, Weda, MédiStory, AxiSanté, HelloDoc, Crossway…) gèrent vos Feuilles de Soins Électroniques (FSE) transmises à la CPAM via SESAM-Vitale. Ce circuit reste distinct de la facturation électronique au sens de la réforme DGFiP. Ces deux systèmes coexistent et ne se remplacent pas.

Pour être conforme à la réforme, vous aurez besoin :

D’un compte actif sur une Plateforme Agréée (PA) immatriculée par la DGFiP, pour recevoir les factures fournisseurs.
D’un outil compatible avec votre logiciel métier si vous souhaitez automatiser les flux (facturation B2B accessoire).

Idéalement, choisissez une PA qui s’intègre nativement avec votre logiciel médical pour éviter la double saisie. Vérifiez auprès de votre éditeur (Weda, Maiia, Doctolib Pro…) s’ils ont développé une intégration avec une PA partenaire.

Faut-il consulter un comptable ou un expert-comptable ?

Oui, dans la plupart des cas, un point de situation s’impose. En particulier si :

Vous exercez en SEL ou avez une structure juridique autre que la simple EI/BNC.
Vous avez des activités mixtes (soins + expertises + formations).
Vous êtes en micro-BNC et vous demandez si vous êtes dispensé.
Vous n’avez jamais eu de comptable et ignorez si certains de vos actes sont assujettis à la TVA.

Un expert-comptable spécialisé dans les professions de santé connaît déjà vos spécificités (exonération de TVA sur les soins, rétrocessions d’honoraires, SEL, CARMF…). Il peut en quelques heures cartographier vos flux, identifier les opérations soumises et vous orienter vers la bonne plateforme.

Si votre situation est simple (BNC individuel, activité 100 % soins, pas d’activité B2B), un comptable n’est pas indispensable pour choisir et s’inscrire sur une PA : les plateformes listées ci-dessous sont accessibles en autonomie.

Quelles solutions adopter ?

Voici des plateformes agréées adaptées aux psychiatres libéraux, par profil. L’AFPEP-SNPP n’a aucun lien d’intérêt avec ces plate-formes. Si vous avez de bonnes ou de mauvaises expériences avec ces PA, informez-nous à info@afpep-snpp.org .

Pour le psychiatre en BNC individuel (profil le plus courant)

🟢 Indy (gratuit pour l’offre essentielle) Plateforme Agréée immatriculée par la DGFiP. Conçue nativement pour les BNC avec déclaration 2035 intégrée, synchronisation bancaire automatisée, et déclarations URSSAF. L’offre essentielle (gratuite) permet d’émettre et recevoir des factures électroniques en illimité. Les offres payantes (à partir de 9 €/mois HT) incluent les déclarations fiscales et les fonctions avancées. 🔗 indy.fr

🟢 Tiime (gratuit ou 14 €/mois) Facturation illimitée gratuite, PA immatriculée DGFiP, compte professionnel intégré, gestion des notes de frais. Particulièrement apprécié des indépendants et bien référencé pour les professions libérales. 🔗 tiime.fr

🟡 Pennylane (offre gratuite disponible, payant dès 14 €/mois) Suite plus complète : comptabilité analytique, collaboration avec l’expert-comptable, module professions réglementées. Recommandé si vous avez un expert-comptable avec qui partager l’accès, ou si vous avez plusieurs flux à gérer. PA immatriculée définitivement depuis décembre 2025. 🔗 pennylane.com

🟡 Dougs (à partir de ~25 €/mois) Solution tout-en-un comptabilité + facturation électronique, avec accompagnement expert-comptable intégré. Utile si vous cherchez à déléguer entièrement votre gestion comptable. 🔗 dougs.fr

🟢 Abby (gratuit pour les fonctions de base) Solution légère et simple, adaptée aux indépendants avec faible volume de factures fournisseurs. PA immatriculée DGFiP.

Pour les structures de groupe ou les SEL

Pennylane ou Sellsy (à partir de 29 €/mois) offrent la gestion multi-utilisateurs, les droits d’accès différenciés et la répartition des honoraires entre associés.

Tableau comparatif rapide

Solution	Gratuit ?	BNC natif	Déclaration 2035	Pour SEL/groupe
Indy	✅ Oui	✅	✅	⚠️ Limité
Tiime	✅ Oui	✅	✅	⚠️ Limité
Abby	✅ Oui	✅	❌	❌
Pennylane	✅ Offre free	✅	✅	✅
Dougs	❌ ~25€/mois	✅	✅	✅
Sellsy	❌ ~29€/mois	⚠️	❌	✅

Important : La réception des factures électroniques est gratuite chez la quasi-totalité des plateformes agréées. Le coût éventuel concerne les fonctionnalités avancées (comptabilité intégrée, déclarations fiscales, collaboration expert-comptable).

Les 5 étapes pour être en conformité avant septembre 2026

Étape 1 – Évaluez votre situation TVA Posez-vous la question : avez-vous des actes assujettis à la TVA (expertises B2B, formations à des entreprises, médecine du travail) ? En cas de doute, consultez votre comptable ou vérifiez votre déclaration 2035.

Étape 2 – Choisissez une Plateforme Agréée (PA) Pour la grande majorité des psychiatres libéraux en BNC individuel : Indy (gratuit) ou Tiime (gratuit) sont des choix solides et sans coût. Ouvrez votre compte dès maintenant — l’immatriculation prend quelques minutes.

Étape 3 – Paramétrez votre adresse de réception électronique Sur votre PA, configurez votre espace de réception. Vos fournisseurs pourront y adresser leurs factures normées. Communiquez cette adresse à vos principaux fournisseurs (loyer, fournitures, logiciels…).

Étape 4 – Vérifiez la compatibilité de votre logiciel métier Contactez votre éditeur (Weda, AxiSanté, MédiStory…) pour savoir s’il existe une intégration avec une PA partenaire. Si oui, activez-la pour éviter la double saisie. Si non, les deux outils coexistent sans interférence.

Étape 5 – Anticipez l’obligation d’émission (2027) Si vous avez des actes B2B assujettis, configurez dès maintenant l’émission via votre PA. Testez avec un fournisseur ou un collaborateur avant que l’obligation ne soit effective.

En résumé : ce qui change pour vous

Psychiatre en BNC individuel, activité 100 % soins : Vous devez uniquement ouvrir un compte sur une plateforme agréée pour recevoir vos factures fournisseurs dès le 1er septembre 2026. Pas d’obligation d’émission. Solutions gratuites disponibles (Indy, Tiime). Pas d’impact sur vos FSE CPAM.

Psychiatre avec activité accessoire assujettie (expertises B2B, formations…) : Obligation de réception en 2026, obligation d’émission en 2027. Choisissez une PA avec module d’émission (Indy, Tiime, Pennylane). Faites le point avec votre comptable sur vos flux.

Psychiatre en SEL : La SEL est une personne morale avec des obligations propres. Un bilan avec votre expert-comptable est indispensable avant septembre 2026.

Psychiatre retraité actif : Même obligations que les confrères en activité pleine. La CARMF n’a aucune incidence sur ces obligations.

L’AFPEP-SNPP reste à votre disposition pour toute question sur cette transition. N’hésitez pas à contacter votre délégué régional ou à écrire au secrétariat de l’association.

Sources : DGFiP, URPS MLB, Fiducial Santé, Indy, Tiime, Pennylane, CMV Médiforce, Comptasanté — Juin 2026